Haiglainfektsioon võib olla põhjustatud kas endogeensetest või eksogeensetest allikatest.

1. Endogeenseteks allikateks loetakse patsiendi neid kehaosi, mis on alati kaetud rohkete mikroorganismidega. Nendeks on nahk, nina, suu, seedetrakt ja tupp.

Haigus saab seejuures avalduda juhul, kui haige vastupanuvõime on langenud ja normaalne mikrofloora on tasakaalust väljas. Samuti soodustab endogeense infektsiooni vallandumist hügieenireziimi rikkumine. Seega, kui haige on väga raskes seisundis, ei ole alati võimalik ka kõigi reeglite täitmisel endogeenseid haiglainfektsiooni vältida.

Üldjuhul avalduvad need infektsioonid harva, kuid esinemisel järgneb sagedasti puhang.

2. Eksogeenseteks allikateks loetakse väliseid tegureid nagu personal, külastajad, hoolduvahendid, meditsiinilised tarvikud ja üldine haiglakeskkond.

Siinkohal on peamine põhjus just haiglapersonali hügieenireziimi rikkumine. Seega eksogeenseid infektsioone saame 90 - 100% ennetada.